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J'ai mis à jour mon noyau, voici mon mémo si ça peut aider :

Info :
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Le noyau officiel sur les dedibox semble être la version vanilla avec un ".config" maison.
Mais le noyau préinstallé sur les gentoo semble être le gentoo-sources avec ce ".config" maison.
Donc on reste en gentoo-sources et se sert du même ".config" maison pour compiler le noyau.
La compilation se fait "à l'ancienne" car genkernel n'est pas adapté pour faire ça.

Pré-installer :
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Installer gentoo-sources si ce n'est pas fait

Mettre à jour le noyau (exemple pour le noyau gentoo 2.6.17 avec la config r5 de dedibox) :
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# ===> S'assuer que le noyau est là (ebuild gentoo-sources en version 2.6.17)

cd /usr/src/linux-2.6.17-gentoo-r4
wget -O .config http://ftp.dedibox.fr/pub/dedibox/kerne … 5-2.6.17.4

# il faut faire menuconfig pour corriger le .config adapté aux sources gentoo-sources
# ensuite, on quitte le menu et on sauve
make menuconfig

# on compile
make


# ====> S'assurer que la partition /boot est montée si ce répertoire en est une.

# on installe les modules
make modules_install

# on installe le nouveau noyau
cp arch/i386/boot/bzImage /boot/vmlinuz-2.6.17-gentoo-r4dedibox_r5

# configuration de grub
8-<---------------------------------------------------------
default 0
fallback 1
# Délai en secondes avant de lancer l'entrée par défaut
timeout 0

title=Gentoo Linux 2.6.17-gentoo-r4dedibox_r5
# Partition qui contient l'image du noyau
root (hd0,0)
kernel /vmlinuz-2.6.17-gentoo-r4dedibox_r5 root=/dev/sda6

title=Gentoo Linux
# Partition qui contient l'image du noyau
root (hd0,0)
kernel /vmlinuz-2.6.16-gentoo-r6_dedibox_r0 root=/dev/sda6
8-<---------------------------------------------------------

# ====> bah on reboot :-)

Merci pour ton How To rootix

Sinon vous n'avez pas essayé d'installer la version hardened du noyau ?

elle integre le support du nx-bit et grsecurity (plus quelques patchs fait maison)